Cristóbal Halffter est né au sein d'une famille de musiciens (ses oncles Rodolfo et Ernesto sont également des compositeurs importants). En 1936, fuyant la guerre civile espagnole, sa famille se réfugia en Allemagne, où il a fait ses études élémentaires. Ils revinrent à Madrid en 1939, et Halftter étudia la composition avec Conrado del Campo au Conservatoire Supérieur de Musique de Madrid, où il obtint ses diplômes en 1951. En dehors du conservatoire, il a étudié avec Alexandre Tansman et André Jolivet.
Il a travaillé à la Radio Nacional de España; il se forme également à la direction d'orchestre. En 1952, son Antífona Pascual obtient un succès éclatant, et en 1953 son concerto pour piano gagna le Premio Nacional de Música Nacional. Entre 1955 et 1963, il a été chef d'orchestre de l'Orquesta Falla. Il poursuit alors une carrière à succès comme compositeur et chef d'orchestre, tout en écrivant une musique qui combine des éléments traditionnels espagnols avec des techniques d'avant-garde. En 1961, il a été nommé professeur de composition et formes musicales au Conservatoire de Madrid; en outre il a été nommé directeur de ce centre entre 1964 et 1966.
En 1967, il obtient une bourse pour étudier à la Ford Fundation aux États-Unis et la DAAD de Berlin. Il a été lecteur à l'Universidad de Navarra entre 1970 et 1978 et au Internationale Ferienkurse für Neue Musik à Darmstadt où il a travaillé avec Pierre Boulez, Karlheinz Stockhausen et Luciano Berio. Entre 1976 et 1978, il a été président de la section espagnole de la ISCM (International Society for Contemporary Music), et l'année suivante, directeur artistique du Studio de musique électronique à la Fondation Heinrich Strobel Foundation à Fribourg.
En 2000, Cristóbal Halffter, à 70 ans, est toujours au premier plan du panorama artistique. Le 23 février au Teatro Real eut lieu la première de son opéra Don Quijote, avec un livret de Andrés Amorós et basé sur l'œuvre immortelle de Miguel de Cervantes et d'autres poètes espagnols. En 2006, eut lieu la première en Allemagne (dans la ville de Kiel).
Le 4 août 2003, au Festival de Salzbourg, eut lieu la première mondiale de Adagio en forma de rondo pour orchestre, œuvre commandée par l'Orchestre philharmonique de Vienne, la direction étant confiée à Semyon Bychkov.
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